Munjong pertama kali berkahwin dengan Puteri Mahkota Hwi dari suku Andong Kim. Hwi dilaporkan menggunakan ilmu sihir untuk mendapatkan cinta Munjong. Beliau membakar kasut perempuan simpanan Munjong, dan membuat meminum abunya dengan alkohol. Ketika Raja Sejong mengetahui hal ini, baginda melepaskan Hwi daripada kedudukannya.

Kedua, Munjong berkahwin dengan Puteri Mahkota Sun dari suku Haeum Bong (순빈 봉씨). Beliau dipecat dari posisinya ketika diketahui bahawa beliau minum alkohol, yang tidak diterima untuk seorang wanita, dan kerana beliau mempunyai hubungan cinta homoseksual dengan salah seorang pembantunya bernama So-ssang (소쌍).

Terakhir, Permaisuri Hyeondeok menjadi isteri ketiga Munjong. Baginda dilaporkan satu-satunya isteri yang disukai Munjong, dan baginda melahirkan Puteri Gyeonghye dan Danjong, tetapi mangkat ketika melahirkan anak. Danjong ialah raja Joseon seterusnya setelah Munjong mangkat.